Utjecaj veličine uzorka na procjenu "linkage disequilibrium" efektivne veličine u populacijama goveda

diplomski rad

• Autor: Nina Karapandža
• Mentor: Ino Čurik (mentor)
• Član povjerenstva: Ino Čurik (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Miroslav Kapš (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Vlatka Čubrić Čurik (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Maja Ferenčaković (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Agronomski fakultet; (Opće stočarstvo); Zagreb
• Datum i država obrane: 2016-09-27, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Poljoprivreda (agronomija)

Sažetak

Efektivna veličina populacije (Ne) centralni je koncept u konzervacijskoj
genetici. S obzirom na to da je iskustvo pokazalo kako su procjene temeljene na
rodovniku često neprecizne, zbog nedostatnih i pogreš nih rodovnika i stohastičke
prirode rekombinacije, za procjenu se koriste nove metode. Visoko -rezolutna
genomska informacija kao najpolimorfnija informacija do sada, pokazala se puno
preciznijom. Precizna procjena efektivne veličine populacije od velike je važnosti,
posebice kada se za procjene koriste uzorci malih veličina. Najčešće korištena
procjena je ona bazirana na „linkage disequilibrium-u“ (LD). Ovaj rad prikazuje
kako koristeći osnovne postavke računalnog programa SNeP pri izračunima
variraju vrijednosti Ne u odnosu na veličinu uzorka. Rezultati otkrivaju značajne
razlike u procijenjenim NeLD pri veličinama uzoraka 10, 20, 30, (...), 100. Iako je
navedena problematika relativno novijeg vijeka postoji nekoliko formula za
korekciju, međutim ostaje pitanje koja je ona prava, te je nužno provoditi daljnja
istraživanja kako bi se problem pristranosti riješio.

Sažetak (engleski)

Effective population size (Ne) is a central concept in conservation genetics.
Given that experience has shown that estimations based on pedigree are often
imprecise because of insufficient and wrong pedigrees and also because of the
stochastic nature of recombination, new methods are used for estimation. High
density genomic information as the most polymorphic information up till now has
been shown to be much more precise. Precise estimation of the effective population
size is of great importance, especially when small size samples are used. The most
commonly used estimation is the one based on linkage disequilibrium (LD). This
paper shows how by using default settings of the SNeP software the values of Ne
vary in relation to the sample size. The results reveal significant differences i n
estimated NeLD at sample sizes 10, 20, 30, (...), 100. Although the issue at hand is
relatively new, there are few equations for correction. However, the question
remains which equation is the real one. It is necessary to conduct further research
to find the solution to the problem of biased results.

• Ključne riječi: efektivna veličina populacije; veličina uzorka; linkage disequilibrium; SNeP
• Ključne riječi (engleski): effective population size; sample size; linkage disequilibrium; SNeP
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:204:374878
• Studijski program: Naziv: Genetika i oplemenjivanje životinja; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/ magistra inženjer/inženjerka genetike i oplemenjivanja životinja (mag. ing. agr.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2016-11-30 08:33:29